市国资委共设置5个内设机构，具体是：办公室、规划发展科、资产运营管理科、企业监管科、组织人事科（市国资委党委办公室）。其中：

　　办公室

　　协助委领导处理日常工作；研究拟订市属国有资产管理的地方性规定等有关规范性文件；制定委机关各项工作制度；承担机关有关规范性文件的审核工作；负责机关文秘、综合、协调、督办、调研、信息、政务公开、会务、档案、保密、安全保卫、办公自动化建设、财务、接待和机关事务管理等工作；承担相关的宣传和新闻工作；负责编印国企改革简报；负责机关和指导所监管企业的信访工作及人大建议政协提案的答复工作。

　　规划发展科

　　研究提出市属国有经济布局和结构战略性调整的政策建议，牵头拟订市属国有资产中长期发展战略和实施计划；指导和审核所监管企业的发展战略和规划并督促落实；联系所监管企业自主创新、节能减排、环境保护、安全生产等工作；审核市属国有企业的重大投资、融资计划，协调利用外资民资对企业的改组改造和招商引资工作；审核所监管国有独资公司章程和新发展项目的可行性研究。

　　资产运营管理科

　　完善所监管企业负责人经营业绩考核制度，对所监管企业负责人进行年度和任期考核；建立和完善国有资产保值增值的考核办法，综合考核所监管企业的经营业绩；提出所监管企业负责人的薪酬和激励制度并组织实施；承担所监管企业国有资产统计、运行情况分析和预测工作；承担所监管企业国有资产产权界定、登记、划转、处置及产权纠纷调处等工作；承担所监管企业清产核资和资产损失核销工作；根据有关规定，编制所监管企业国有资本经营预算建议草案；指导所监管企业加强资产经营预算和财务管理；指导、监督、检查和评价所监管企业国有资本经营预算执行情况；审核所监管企业财务预决算；组织所监管企业上交国有资本收益及产权转让收益；拟订资本运营的有关政策措施，指导所监管企业资本运营工作。

　　企业监管科

　　指导所监管企业开展改制工作，拟订所监管企业产业结构调整和资产重组方案并指导落实。协调解决企业改革中重大问题和有关信访工作。指导所监管企业资本运营工作。负责推进所监管企业规范董事会建设工作，对需要国有股东决定的事项或派出董事的报告事项提出意见。组织开展所监管企业的专项审计。对所监管企业财务预决算和企业负责人薪酬考核进行审计。负责对监管企业执行国资监管制度情况的监督，组织开展对监管企业共性问题和重大问题的专项检查。负责分类处置和督办监管企业需要整改的问题，组织开展国有资产重大损失调查，提出有关处理意见建议，指导监管企业风险管理与内部控制规范体系建设。配合查处涉及损害、侵犯国有资产权益的行为和国有资产流失的案件。负责所监管企业资产评估项目的核准、备案和评估管理工作，监督规范市属国有产权交易。协调处理国有资产有关法律问题和机关的法律事务。

　　组织人事科（市国资委党委办公室）

　　根据有关规定，承担对所监管企业领导人员的考察工作并提出任免建议；负责机关和指导所监管企业党的建设工作；指导所监管企业思想政治工作、精神文明建设和企业文化建设工作；负责机关和直属单位人事管理、机构编制、劳动工资、考核、出境审查、离退休人员服务等日常管理工作；负责机关的工会、青年、妇女工作；审核市属国有企业退休干部、中级以上专业技术职务人员职级补贴发放工作；组织培训所监管的国有企业管理人员。