（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案、财务、督办、后勤保障等机关日常运转工作。承担信息、安全保密、信访、政务公开、信息化建设、扶贫等工作。承担重要文稿的起草和审核有关工作。联系特约审计员。

（二）综合计划科。承担全市审计机关审计项目计划统筹，负责拟订审计工作的规划、全市统一组织的审计项目计划和局年度审计项目计划，审核各市（区）审计机关审计项目计划，指导、监督检查各市（区）审计机关审计项目计划管理情况。组织开展涉及全局或行业性的重点资金和重大项目审计。组织开展对局机关预算执行情况、决算草案和其他财政收支的审计。负责审计统计工作，对审计成果进行整理研究和综合利用。

（三）法规审理科。起草有关规范性文件和审计指南。参与起草财政经济及其相关的规范性文件。组织审定各市（区）审计机关拟向本级人大常委会提出的本级预算执行和其他财政收支情况审计工作报告。审理审计业务事项。监督检查全市审计机关审计业务质量,依法纠正或责成纠正各市（区）审计机关违反国家、省和市规定作出的审计决定。负责对重大违纪违法问题线索的移送协调。承担有关规范性文件的合法性审查工作。承担有关行政复议、行政应诉等工作。组织审计结果公告。推动落实内部审计制度，对市直部门和事业单位内部审计机构进行业务指导，监督内部审计职责履行情况，检查内部审计业务质量。组织核查社会审计机构对依法属于市审计局审计监督对象的单位出具的相关审计报告。指导和监督农村集体经济审计工作。

（四）整改监督科。督促整改审计查出的问题。牵头起草各类审计查出问题的整改情况报告。监督审计执法行为。

（五）电子数据审计科。组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用,组织对有关部门和市属国有企事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统的审计。

（六）经济责任审计科。组织对市管党政主要领导干部及其他单位主要负责人实施经济责任审计。承担全市经济责任审计工作的协调、管理和业务指导工作。承担市经济责任审计工作联席会议有关工作。

（七）财政审计科。组织审计市本级预算执行情况、决算草案和其他财政收支,各市（区）政府预算执行情况、决算草案及其他财政收支和市财政转移支付资金。组织审计市属国有金融机构和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债、损益及其境外国有资产投资、运营和管理情况。组织审计全市政府债务、隐性债务和其他相关债务。组织审计有关重大政策措施和宏观调控部署贯彻落实情况。承担市级财政支出项目的绩效审计责任，评价财政资金的使用效益和政府绩效管理水平。

（八）行政事业审计科。组织审计市直党政群机关和事业单位、社会团体的预算执行情况和决算。组织审计市直党政群机关及各市（区）政府管理的专项资金。

（九）农业与资源环境审计科。组织审计农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目。组织开展领导干部自然资源资产离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。

（十）固定资产投资审计科。组织审计市政府投资和以市政府投资为主的建设项目以及其他关系到国家利益和公共利益的市属重大公共工程项目。组织审计市对口支援重大项目和资金。

（十一）企业审计科。组织审计市属国有企业和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位的企业的资产、负债、损益及其境外国有资产投资、运营和管理情况。组织审计市驻外非经营性机构的财务收支以及国际组织和外国政府援助、贷款项目。承担有关专项境外审计工作。负责市属国有企业相关审计工作。

（十二）社会保障审计科。组织审计市政府相关部门、县级以上人民政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。

（十三）人事科。承担机关干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训、党建、纪检、意识形态、群团、离退休人员服务和审计专业技术职称考评等工作。承担协管各市（区）审计机关领导班子及成员，以及审计工作人员进出审核、培训及考核。承担审计人员职业化建设工作。